作业帮高手帮我看一下我的初步引物设计有什么问题!=CG1147=5’- ACAGATGGTCGCTGACTGTGC-3’:21bp,G+C=57.1 %,Tm=62 3’- GCACAGGAGATTAGCCCTTT-5’:20bp,G+C=50.0 %,Tm=56(5’-TTTCCCGATTAGAGGACACG-3’)=CG6919=5’- GTATCAGGGCCCTCGACTTTCG-3’
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/04/26 13:59:41
高手帮我看一下我的初步引物设计有什么问题!=CG1147=5’- ACAGATGGTCGCTGACTGTGC-3’:21bp,G+C=57.1 %,Tm=62 3’- GCACAGGAGATTAGCCCTTT-5’:20bp,G+C=50.0 %,Tm=56(5’-TTTCCCGATTAGAGGACACG-3’)=CG6919=5’- GTATCAGGGCCCTCGACTTTCG-3’
高手帮我看一下我的初步引物设计有什么问题!
=CG1147=
5’- ACAGATGGTCGCTGACTGTGC-3’:21bp,G+C=57.1 %,Tm=62
3’- GCACAGGAGATTAGCCCTTT-5’:20bp,G+C=50.0 %,Tm=56
(5’-TTTCCCGATTAGAGGACACG-3’)
=CG6919=
5’- GTATCAGGGCCCTCGACTTTCG-3’:22bp,G+C=59.1 %,Tm=66
3’- GATTTCGTTGTCGGTGTCG-5’:19bp,G+C=52.63 %,Tm=54
(5’-GCTGTGGCTGTTGCTTTAG-3’)
=CG6989=
5’- AGAGCGCTACAAGCCAAAG -3’:19bp,G+C=52.6 %,Tm=54
3’- GCTACACGTCCTCTAGGTCTAAC-5’:23bp,G+C=52.2 %,Tm=66
(5’-CAATCTGGATCTCCTGCACATCG -3’)
=CG7078=
5’- ACGGAAGGAATATCGCAAC-3’:21bp,G+C=50.0 %,Tm=62
3’- CTCACTTAGCAGCGTGTAC-5’:19bp,G+C=52.6 %,Tm=54
(5’-CATGTGCGACGATTCACTC -3’)
=CG7485=
5’- TGCAACTCAAAGCGACAGACC-3’:21bp,G+C=52.4 %,Tm=60
3’- CGTAGGGTTTGCTCTTATCG-5’:20bp,G+C=50.0 %,Tm=56
(5’-GCTATTCTCGTTTGGGATGC-3’)
高手帮我看一下我的初步引物设计有什么问题!=CG1147=5’- ACAGATGGTCGCTGACTGTGC-3’:21bp,G+C=57.1 %,Tm=62 3’- GCACAGGAGATTAGCCCTTT-5’:20bp,G+C=50.0 %,Tm=56(5’-TTTCCCGATTAGAGGACACG-3’)=CG6919=5’- GTATCAGGGCCCTCGACTTTCG-3’
你的这些引物看起来还可以.一般我看一对儿引物好不好,要看这几个方面,
一、退火温度差异大不大,一般1-5度之内的退火温度差异都可以忍受,当然越接近越好.这一点上,你的这几个引物都可以.
二、G+C含量,一般不要大于60%,不要小于40%.这一点上,你的这几个引物也都符合要求.
三、3'端的碱基组成.一般保证扩增的特异性,要求3'端的碱基以G,C为主较好,尤其是最后一个碱基,最好是G或C.这一点上,你的引物也不错.
所以,我觉得你的引物应该能用得比较好.
当然,我也见过一些软件会预测引物能不能形成二聚体,形成发卡结构,等等,但是这些因素对引物效率的影响不是很大,而且很多引物都或多或少会有二聚和形成发卡结构的情况,所以设计的时候其实不考虑也没什么问题.
根据我的经验,保证了我提到的3点,然后选择了合适的退火温度,PCR都会良好的运行的.如果PCR还是运行的不好,也应该考虑其他的因素,比如模板啦,延伸时间啦,等等